A Prefeitura da UFRJ possui a seguinte estrutura:
- Gabinete
- Coordenação de Infraestrutura Urbana
- Coordenação de Operações Urbano-Ambientais
- Coordenação de Segurança
- Coordenação Técnica do Gabinete
- Centro de Controle Operacional
- Divisão de Comunicação
- Divisão de Frota Oficial
- Divisão de Planejamento e Finanças
- Divisão de Recursos Humanos
- Divisão de Transporte Público
- Subprefeitura da Praia Vermelha e Unidades Externas
- Subprefeitura de Macaé