Cabe à Prefeitura Universitária administrar os campi da UFRJ. Dentre as atribuições da Prefeitura da UFRJ, destacam-se:
Gestão do Ambiente
Controla a ocupação do solo através de políticas de sustentabilidade, pelo gerenciamento da coleta e do tratamento dos resíduos sólidos, pela conservação e manutenção das áreas verdes dos campi e pela limpeza urbana.
Engenharia Urbana
A equipe de profissionais da Prefeitura da UFRJ identifica as necessidades, desenvolve e executa projetos e obras voltadas para a conservação das áreas urbanas, das redes de abastecimento e captação de água, além do mobiliário urbano.
Mobilidade Urbana
Desenvolve e incentiva políticas de mobilidade universal e sustentável para os campi da UFRJ, sendo responsável pela gestão e fiscalização dos serviços de transporte integrado da UFRJ, pela observação e intervenção junto aos Governos Municipal e Estadual nas questões de transporte público e do trânsito no campus Cidade Universitária.
Segurança
A Constituição Federal estabelece que o patrulhamento ostensivo e a preservação da ordem pública cabem às polícias militares (art. 144, § 5º). Não assegurando a nenhum outro órgão de segurança pública as atribuições de policiamento ostensivo. Todavia, a Prefeitura da UFRJ tem como atribuição manter os serviços de vigilância e monitoramento dos campi por meio do trabalho da Coordenação de Segurança e com o uso de recursos tecnológicos.