“Manguezal ou mangue é um tipo de vegetação litorânea que constitui um dos mais típicos ecossistemas tropicais de grande importância ecológica e geológica nas regiões estuarinas” (COIMBRA FILHO et al, 1988).
Os manguezais brasileiros da Região Sudeste são formados basicamente por três espécies e nas áreas de manguezais da Cidade Universitária podemos encontrar o mangue-branco (Laguncularia racemosa), mangue-preto (Avicennia schaueriana) e o mangue-vermelho (Rhizophora mangle) que foi plantado durante projetos de recuperação de diversas áreas da franja de manguezal do Campus.
O ecossistema manguezal está presente na Cidade Universitária em aproximadamente 12km do seu perímetro e formaram-se após a união das ilhas, possivelmente a partir de propágulos originários de áreas vizinhas, como o manguezal do rio Jequiá (às margens da Baía de Guanabara) ou mesmo do Município de Duque de Caxias ou São Gonçalo.
Não é de hoje que os manguezais desta região são estudados e como exemplo podemos citar a publicação de Levantamento Biogeográfico da Baía de Guanabara – II – Crescimento do Manguezal da Ilha do Pinheiro, de 1953, que mostra que já naquela época a riqueza da avifauna dos manguezais da região do arquipélago de Manguinhos era reconhecida como tema de pesquisa (Krau, Oliveira 1953).
Segundo a legislação brasileira, os manguezais são considerados áreas de proteção ambiental (APPs), tendo em vista a sua função ecológica de berçário de espécies marinhas e avefauna, destacando-se também o papel socioambiental dos manguezais para as famílias que vivem da pesca artesanal.